闪电战Ⅱ:出击!AI 病毒猎手 | 直播回顾

百家 作者:动点科技 2020-04-15 23:12:04


“ AI 战疫逆行说”,即 AI SPACE 全新推出的线上沙龙品牌“摩磕”的首个专题。我们邀请此场“战疫”中同样身为“逆行者”的 AI 人讲述“AI 战疫”中台前幕后的故事。通过聚焦四场“战疫”:攻坚战、闪电战、保卫战、持久战,我们期望大众能够更感性地认知“ AI 向善”,也为逆行者们提供一个“为爱发声”的平台。



第五期“闪电战”直播已在上周五正式落幕,我们整理了本次直播的精华内容,下翻get~



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直播精华回顾

本期分享嘉宾是深兰科学院生命科学院院长唐鲲博士,分享主题为《AI技术助力新冠病毒检测和疫苗药物的开发》。

唐博士表示,在全球疫情愈演愈烈的情况下,科技力量是拯救的关键。为此,深兰推出医学检测平台,在疫情之初进行了核酸检测的研发,满分通过了上海临床检验中心新冠病毒检测能力测试,成为上海首批满分通过检测能力的企业。

图片来源于唐博士PPT

唐博士表示,在这次疫情中,借助 AI 设计核酸检测体系成为了破局利器,针对 AI 如何借助核酸检测检测出病毒的问题,唐博士举了一个例子。

当一位病人吐了一口痰,痰液里有一个病毒分子。病毒分子和探针进行互补匹配,只有在互补匹配的情况之下,才可以通过 DNA 扩增酶,不断地去复制病毒的核酸,达到一定量的拷贝后,然后用荧光 PCR 检测。如果病毒分子里检测到非常大的荧光信号,那么检测结果为阳性,如果没有检测到强荧光信号,检测结果为阴性。

唐博士表示,虽然核酸检测能力在迅速提升,但精准程度有差别。据新闻了解,武汉在检测初期的阳性率可能只有 50% 左右,甚至在欧洲美国核酸检测也有问题。

于是,深兰针对核酸检测的探针组的质量精准评价体系给出了解决方案。第一种是通过经典的评估算法来评估质量。另外一种是通过实验验证做探针的质量排名,进行端到端的训练以后给出好的候选引物。最后,基于这样的结果,深兰已经完成了初代的通过 AI 筛选快速新冠病毒试剂盒的研发。

图片来源于唐博士PPT

唐博士指出,除了最简单的病毒阴阳检测以外,未来还需要更多东西靠 AI解决,比如病毒突变如何检测,病毒的浓度,病人进入第几期的病状等。基于此,深兰团队推出了基于三代测序的快速 AI 病毒识别检测仪,三代测序的过程主要是分三步:样本前处理和建库、纳米孔测序、基于计算方法的病毒识别。整个检测过程可以缩短到 45 分钟之内,不但可以快速测定是否感染新冠病毒,而且可以同时知道病毒负荷、并发感染以及病人的多项应激反应情况,从而帮助快速了解病人的病程和治疗效果。

图片来源于唐博士PPT

与此同时,针对新冠病毒治疗急需寻找有效药物的痛点, 基于新冠病毒的三级结构,深兰初步构建了药物筛选的 AI 模型,进而在小分子库中进行大规模的药物筛选,助力抗疫药物筛选和疫苗研制。


图片来源于唐博士PPT

近年来,有研究人员把计算方法应用到药物筛选过程,alphafoldde 的问世,可以在一个小时内根据 DNA 序列预测出蛋白的三级结构。近几年,也有计算生物学的专家开发出了小分子和蛋白相互结合的算法,进行小分子与蛋白的特异性结合力的判断。

这次新冠病毒疫情爆发以后,研究人员用计算的方法筛选对病毒有效的药物,阿里云和华为云也开放了算力助力病毒药物的筛选。但是由于计算量还是很大,筛选效率一般。

唐博士强调,这次遭遇如此庞大的疫情,高性能计算需要很大一部分的资源集中调取,为了进一步缩短时间,降低计算复杂度,在疫苗和药物研发方面,深兰用深度学习技术加速传统算法,构建药物筛选的 AI 模型,该模型应用到小分子库中进行大规模的药物筛选,给小分子疫苗进行打分,筛选药物效率提升了100倍。

后续,唐博士分别回答了媒体嘉宾和观众最关心的几个问题。

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直播Q&A

Q1:深兰的3个产品的研发和落地进度怎么样了?

唐博士:新冠检测试剂盒已经完成,目前正在联系合作方建厂。纳米孔测序一体机在实验验证的阶段,还有关键问题需要理清,未来的话,会把它变成一体机的形式。而药物和疫苗筛选的工作比较初期,还在小规模验证阶段。

Q2:AI 技术导向型的企业,更加关注医疗影象这一块儿,深兰涉及到的是基因和生物制药,感觉相对小众一点。深兰建立了怎样的反应机制,能够在比较急迫的疫情中,迅速去设计研发出高效高精度的成果?

唐博士:深兰更多考虑的是未来 AI 做什么,而不是说现在能够做多少。从传统的生物医学行业本身来说,基因组学和药物设计是生物医学最核心的两个应用场景,它们的特点是海量数据和非常高的复杂度。其实人工智能技术能够非常好地适应这样的场景。深兰设立之初,关注点就是基因检测技术和药物筛选相关的领域,团队组成也是医学交叉性的结构,这次疫情让深兰一些能力正好展示出来。所以我认为人工智能在生物医学的应用,会马上向基因组学和药学靠拢。几年以后这个研究领域就不是小众,它会变成一个主流。

Q3:经过这次疫情,深兰有没有看到可以长期关注的 AI+ 医疗的新方向?

唐博士:第一个是检测仪器,现在的检测过程太复杂了,检测可能要一两天的时间,那么未来有一个很大的趋势,自动化、小型化、即时检测是非常大的方向。

第二个是场景构建,因为可能一两年内人类要和新冠病毒长期共存。打个比方,如果做大型会议或度假村的话,需要保证进来的人都是安全的。那么就需要非常快速的检测,在几分钟以内把一个人的风险排除掉,这个可能是非常必要的。

第三个,其实我们也看到疫苗和药物的研发还是跟不上病毒爆发的速度,那么怎么样能够加快研发周期,这个可能也是很重要的方向。特别是我们看到现在新型药物出现是一个很大的趋势,之前都是小分子药物,它接近于一个数据科学,而不是实验科学,那么未来的一些小而美的药物设计实验室都会涌现出来,专门针对性地研发传染病的预测和自动药物系统。

Q4:AI 药物的训练数据是来自模拟计算,可以直接用模拟来计算,为什么还要再去做 AI 模型?

唐博士:其实结构生物学这个领域,可以进行原子级别的计算,精度要求越高,计算量也非常的大。但是这个模型本身它简化太厉害的话,精度不够又不足以提供我们准确的结果,那是矛盾的。我们现在小分子库有的动辄几千几十万几百万,甚至有上亿,那么你要把它精确地计算出来,其实是很难的过程,所以 AI 的计算在这里面会发生很大的作用。

Q5:很多无症状感染者、境外输入病例也开始成为重点防控对象,所以核酸检测的需求量会非常大,那么从这个层面来讲,深兰有没有考虑过核酸检测的批量化或者是海外化?

唐博士:深兰大方向是传统的人工智能企业,而核酸检测的产业化其实不是深兰的长项,所以我们也希望可以和有经验的合作伙伴一起投放到海外的市场。

Q6:第三代的检测仪以理论上来讲,是不是只要有足够丰富和及时更新的基因比对库,就可以检测得出所有的病毒或者病变?如果不是,那么基因检测的局限有哪些?

唐博士:未来随着三代测序的发展,其实我们是可以很快的知道任何环境里面存在DNA的任何情况,现在的三代测序已经用在早期的癌症检测。另外,关于基因检测的问题,有两个局限:

第一,现在的技术成本还没有达到大众化很便宜的程度,所以数据收集是有一定成本的;

第二,关于训练数据方面有几个问题,比如数据库对比算法的设计是核心问题,另外一个问题是对于基因检测的解读,比如把基因组看作是无字天书,我们能看到很多的字,但是不知道它是什么意思,这个其实是很大的黑盒子。


直播回看通道

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下期预告



活动主题:

摩嗑海外疫情炉边会——全球疫情之下 ,海内外 AI 企业的危与机

直播时间:北京时间 4月23日 (周四)19:00

特邀嘉宾:英国、以色列、中国三国嘉宾

参与方式:扫码关注公众号,公众号对话框回复关键字“炉边会”入群




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世界人工智能创新大赛(AIWIN)


世界人工智能创新大赛(以下简称AIWIN)是由发展和改革委员会、工业和信息化部、科学技术部、中央网络安全和信息化委员会办公室、中国科学院、中国工程院、上海市人民政府共同主办,上海市经济和信息化委员会、上海市经济和信息化发展研究中心承办的国家级赛事活动,摩尼科技承接整个 AIWIN 的赛事运营。


大赛以“启迪智能,启航未来”为口号,从高端化、国际化、专业化、市场化、智能化角度出发,定位于国家级人工智能科技创新与全球化产品首发平台,通过设置通用技术赛和应用创新赛,与国际知名赛事横向联合,招募全球人工智能技术人才与团队,突破人工智能发展的关键性技术瓶颈,挖掘人工智能深度应用场景,在人工智能技术前瞻性研究、创新应用产品全球发布、产业实施落地等方面形成国内外交叉互动的态势,建造人工智能研发与应用的产业中心,助力上海成为人工智能国家战略高地。


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